Гидроколонотерапия является медицинской процедурой и имеет противопоказания. Она не проводится при острых воспалительных заболеваниях кишечника, кишечных кровотечениях, выраженных заболеваниях сердечно-сосудистой системы, злокачественных новообразованиях, беременности и ряде других состояний.
Перед процедурой обязательна консультация врача, который определит наличие показаний и исключит возможные противопоказания.